Història i primeres accions

Forn de Barbadillo, utilitzat per fer els rails del ferrocarril

Com passa sovint amb els jaciments prehistòrics, el descobriment d'Atapuerca va ser degut a l'atzar. En aquest cas, els jaciments de la Trinxera no s'haguessin trobat de no ser per una gran obra de construcció vuitcentista. Cap a finals del segle XIX Espanya estava incorporant-se a la revolució industrial. Les primeres siderúrgies basques van crear un pol d'atracció econòmic regional, que al seu torn va activar les zones més properes, com Burgos. L'alta tecnologia del moment demanava carbó i mineral de ferro en enormes quantitats. Els jaciments de Lleó i Astúries estaven en plena explotació, però calia més. 

El ferrocarril miner va permetre la descoberta dels jaciment

La Serra de la Demanda, a uns 50 quilòmetres a l'est de Burgos, té vetes d'hulla i de mineral de ferro que podien convertir-se en mines. En aquella època només hi havia una solució: calia un ferrocarril. Un emprenedor britànic, Richard Preece Williams, es va preocupar de tots dos projectes, atès que estaven relacionats. Així, va invertir en mines a diversos pobles de la Serra de la Demanda, i es va disposar a construir un ferrocarril miner.

El profund tall realitzat a la serra va deixar al descobert diferents cavitats del carst, algunes totalment plenes per sediments. Una part dels jaciments va desaparèixer amb aquesta monumental obra d'enginyeria, però gràcies a ella coneixem avui dia uns jaciments excepcionals que hagin passats inadvertits per a la ciència.

Els jaciments van estar exposats durant molts anys, i alguns científics, com Francisco Jordá, catedràtic de la Universitat de Salamanca, Miguel Crusafont, director de l'Institut Paleontològic de Sabadell, Lawrence Straus i Geoffrey Clark, professors de la Universitat d'Alburquerque a Nou Mèxic, van portar a terme treballs esporàdics d'excavació en els anys 50 i 60.

Primera excavació de la Cova Major, 1976

El 1976, l'investigador Trinitat de Torres i el seu equip van realitzar un important descobriment en el jaciment de la Sima de los huesos. Aquest lloc es troba a menys d'un quilòmetre de la trinxera del ferrocarril, a l'interior del complex de Cova Major.
La troballa de gairebé una vintena de restes fòssils humans a la Sima dels Ossos va resultar decisiu per a les investigacions a la serra d'Atapuerca. El 1978, el paleontòleg Emiliano Aguirre va començar un projecte d'excavacions i investigacions sistemàtiques en diferents jaciments de la trinxera del ferrocarril i de la Cova Major que continua en l'actualitat.